В 2006 году в рамках реализации мероприятий Программы структурной реформы на железнодорожном транспорте, утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации от 18 мая 2001 г. № 384 для организации и управления пассажирскими железнодорожными перевозками в дальнем следовании был создан специализированный филиал ОАО "РЖД" – Федеральная пассажирская дирекция.
В декабре 2009 года на базе имущества Федеральной пассажирской дирекции – филиала ОАО "РЖД" учреждено открытое акционерное общество "Федеральная пассажирская компания".
В уставной капитал ОАО "ФПК" был внесен специализированный имущественный комплекс, а также переведен персонал, обеспечивающий пассажирские железнодорожные перевозки в дальнем следовании.
С 1 апреля 2010 года ОАО "ФПК" начало самостоятельную деятельность, в качестве перевозчика. Компания является субъектом естественной монополии: приказом ФСТ России от 27 мая 2010 года № 190-т АО "ФПК" включено в реестр субъектов естественных монополий на транспорте в сфере оказания услуг железнодорожных перевозок. Деятельность ОАО "ФПК" на рынке транспортных услуг по перевозке пассажиров подлежит государственному регулированию в соответствии с Федеральным законом от 17 августа 1995 года № 147-ФЗ (ред. от 30 декабря 2012 года) "О естественных монополиях".
20 ноября 2014 года МИФНС России №46 по г. Москве выданы документы о государственной регистрации изменения наименования открытого акционерного общества "Федеральная пассажирская компания" (ОАО "ФПК") на акционерное общество "Федеральная пассажирская компания" (АО "ФПК").
Белоусов Андрей Рэмович - Первый заместитель Председателя Правительства Российской Федерации, председатель совета директоров ОАО «РЖД»
Белозёров Олег Валентинович - Генеральный директор – председатель правления ОАО «Российские железные дороги», член совета директоров ОАО «РЖД»
